A Fazenda Águas Claras está localizada nos contrafortes da Serra da Mantiqueira, próximo da divisa com o estado de Minas Gerais e em altitudes variando entre 840 a 1200 metros acima do nível do mar. A centenária Fazenda Águas Claras estende-se por uma área de 354 hectares, no encontro das serras de Serra Negra, Serra das Águas de Lindóia e Serra das Águas Claras, caracterizando-se por uma área de transição geográfica entre Mata Atlântica e Cerradão, divisória de várias nascentes de águas minerais com excelentes características.
A vegetação da fazenda consiste em fragmentos clímax de Mata Atlântica (com porte aproximado de 15 metros e com algumas espécies chegando a até 30 metros), capoeirões, campos, cerrados (em altitudes elevadas) e matas ciliares, numa área de 120 hectares de floresta preservada, o que corresponde a um terço da área total. As espécies mais encontradas na fazenda são: Peroba, Jacarandá, Cabreúva, Bico de Pato, Timburí, Ingá, Canelinha do Brejo, Ipê Amarelo e Paineiras. Entre as espécies da fauna é possível avistar uma grande variedade de pássaros (Urubu-Rei, Canário da Terra, Piçarra, Tucano, Siriema) e mamíferos como o veado-mateiro, paca, capivara, jaguatiricas, onça-parda e outros.
Na propriedade para além de uma charmosa hospedaria, também há produção de culturas temporárias de milho e feijão, além de outras atividades, como a pecuária de corte e leiteira e o cultivo de frutas e verduras orgânicas para o abastecimento local, tanto da comunidade como dos visitantes.
